盡管生態護坡磚有許多優點，但也有一些缺點，主要包括以下幾個方面：

早期植被很難建立
種子發芽和幼苗生長有限:護坡磚的孔洞或縫隙空間有限，土壤量相對較少，可能導致幼苗根系發芽后生長空間不足，難以扎根穩定，影響植被的早期生長和生存。

維護管理要求高:由于護坡磚上的植被生長環境特殊，與自然土壤環境相比，其保水保肥能力較差。因此，在植被建立初期，需要更頻繁地進行澆水、施肥和病蟲害防治，增加了人力物力成本。如果維護不到位，很容易導致植被生長不良甚至死亡，影響生態護坡的效果。

多種因素影響護坡效果。
坡體條件限制:對于坡度陡、土壤質量差或容易發生滑坡等地質災害的坡體，生態護坡磚的保護效果可能會受到一定程度的限制。在這種情況下，僅僅依靠護坡磚和植被的作用可能不足以完全穩定斜坡，需要結合錨桿、錨索等其他工程措施進行加固，這將增加工程的復雜性和成本。

極端氣候影響:在暴雨、洪水、干旱或嚴寒等一些極端氣候條件下，可能會影響生態護坡磚的護坡效果。例如，暴雨和洪水可能會破壞護坡磚上的植被，甚至導致護坡磚松動脫落；干旱地區長期缺水會使植被難以生存，降低護坡效果；寒冷地區的凍融循環可能會破壞護坡磚的結構和植被根系，影響其穩定性。

材料及施工成本較高
材料成本:生態護坡磚的生產工藝比較復雜，需要特殊的模具和材料，所以價格通常比普通磚高。此外，為了達到良好的生態和護坡效果，可能需要使用一些優質的護坡磚，這進一步增加了材料成本。

施工成本:生態護坡磚的鋪設需要一定的技術和經驗，施工過程相對復雜。在鋪設過程中，為了保證其穩定性和透水性，需要保證護坡磚的整齊緊密排列。同時，植被的種植和維護也需要進行，這增加了施工的難度和成本。

后期維修和更換不方便
植被更新困難:隨著時間的推移，護坡磚上的植被會逐漸老化死亡，需要更新。但由于護坡磚的結構限制，在更新植被時，可能需要拆除原有的植被和部分護坡磚，操作起來比較麻煩，容易破壞現有的護坡結構。